> ○PCの時計は整合させていますか？
はい、そこはできてると思います。

> ○交信開始時刻に↓キーを押していますか？
いえ、押していません。入力枠の左端にカーソルを当てて数字を入力するだけです。

> ○オプション−環境設定−設定1−最終データの日付時間をコピーする
> のチェックは外してますか？
確認しましたが、外れていました。

「↓」を押すことで入力した時刻で登録される仕様であれば、
押さなくても入力した時刻で登録出来てしまうケースはどう説明がつくのでしょうか。
今の今まで知らなかった操作ですが、その時は無意識に押していたのでしょうか。

そそも「↓」なんて押さなくても保存する時に入力した時刻を取り込むのが
正しいデータ処理の有り方だと思うのですが。

>日付、時間の項目で↓キーを押すか、ボタンをダブルクリックすると、その瞬間の日付／時間がで再入力されます。
これを読んだ限りだと↓を押した時刻に書き換わるだけで、交信開始時刻にはなりません。基本的に紙ログからの転記なので、この機能はある意味余計です。オプションで有効/無効を切り替えるようにできないでしょうか。