> ・COM2でWSJT-Xで無線機と接続。FT4/8のQSOデータをJT Linker経由でHamlogに転送
> ・COM3でHamlogと無線機を接続。SSB/CWのQSOデータをHamlogに転送
> 困っていること
> ・FT4/8運用時にJT LinkerからのQSOデータが、無線機からのデータ(周波数、モード、レポート)に上書きされてしまい、FT4/8のQSOなのに、SSBでのQSOになってしまうことがあります。

外しているかも知れませんが、
FT4/8とSSB/CWで入力ウィンドウを変えれば良いと思います。
例えばFT4/8をLOG-[A]、SSB/CWをLOG-[B]にしてLOG-[B]の入力環境設定でリグ接続設定をCOM3の接続指定にします。

私はアイコム機でCI-VとUSBで物理的にポートを分けて使っています。
以前書いたブログです。
https://ja4joe.livedoor.blog/archives/18054257.html