> QSOデータの二重化はやっていません。
> ハムログバージョンアップ前までのデータのみにしてHQSLで送信操作では異常なし。
> バックアップデータを反映させるとアウトでした。
> 明日、HQSLを初期化してトライします。

「HAMLOG E-Mail QSL と
　Turbo HAMLOG/Win で
　QSOデータのレコード件数が一致しません。
　別のフォルダかもしれません。
　QSOデータを開き直してください。」
・・・というメッセージが表示されているとのことですが、メッセージのとおり
処理されましたでしょうか？
HAMLOGと hQSLで、異なるQSOデータを使用しているものと思われます。

なお、hQSLに関する質問は、ここではなく↓こちらになります。
https://kazuilb.sakura.ne.jp/h-QSL/wforum.cgi

【2022/02/04(Fri) 22:24:30 投稿者により修正されました。】