> HQSL側で、ハムログのバージョンアップ以降のデータが読めない？
> 「QSOデータのレコード件数が一致しません。
> 別のホルダかもしれません。
> QSOデータを開き直してください。」
> との事、ハムログのバージョンアップに失敗して、データが元ファイルから消失したので、バックアップから復元、この作業が原因だと思います。
hQSL でHamlog.hdbをアクセスした際にIndexが崩れているので、正しく読み取れないためデータが無いと表示されている様に感じられます。ご指摘の処理が原因だと思われます。
もう直っているかも知れませんが、まだであれば、　
メニューのオプション→データの保守→インデックスの再構築
を実施して見て下さい。直るかもしれません。