> Ver5.41aにVer.upしたら、
> 「HAMLOG50.DLLのバージョンが一致しません」の
> エラーになってしまいました。
> 解決策を教えてください。

どの様なやり方でVer5.41aにVer.upされたのでしょうか。
「HAMLOG50.DLLのバージョンが一致しません」と言う事は、今回Ver.upされた方法では
付属ファイルのHAMLOG50.DLLがVer.upされていないと言う事ではありませんか。
https://hamlog.sakura.ne.jp/mou/
にダウンロードのページが有ります。
Thw541a2.exe（2024/01/10）半自動インストール版　
をダウンロードして　実行すれば　必要なファイルがすべて再インストール出来ます。
一方
Thw541a2.zip（2024/01/10）ZIP書庫版
はダウンロードしたら　解凍して　中に含まれるファイルをすべてインストールしてあるフォルダーに上書きすればOKです。

もう一つの方法は、同じページですが　https://hamlog.sakura.ne.jp/mou/
の中間右側に　簡単なバージョンアップ方法　と言うのがありますので、この説明に従ってインストールして頂く方法もあります。こちらが間違いの少ない方法だとおもいます（推奨方法の様です）。