> いつの間にか(E:)が空っぽに なっているんです。
> (E:)をクリックしても、「このフォルダーは空です。」

大切なデーターが、消えてしまってショックを受け、気が動転されていると思います。

フォルダーの情報が［　(E:)　］と、カレントドライブが空になったと解釈します。
原因は多数あり、ドライブが何なのか不明なので、推測でしか記述ができませんし、
ご相談の内容がハムログと離れていますので、ご参考とさせてください。

ドライブがＨＤＤの場合、
　・ドライブのコンテキストメニューから、誤ってフォーマットをクリックし実行した
　・他のドライブをＰＣに追加した時、ドライブ番号が変わってしまった
　・ドライブの情報を記録してある部分が損傷を受け、空表示になった

ドライブがメモリースティックの場合、
　・ドライブのコンテキストメニューから、誤ってフォーマットをクリックし実行した
　・他のドライブをＰＣに追加した時、ドライブ番号が変わってしまった
　・違うメモリースティックを使用していた
　・特にＵＳＢメモリーの場合、読み書きできる限界があり、限界を超えたために
　　記憶が失われた（容量が少ないメモリほど、限界に早く到達してしまう）。
　・使用後、「取り出し」処理をせず、ドライブを使用中のまま、ＰＣから抜いて
　　しまったため、情報の記憶領域が損傷を受け、空表示になった。

ドライブがＤＶＤ（ＣＤＲ）ドライブの場合、
　・ドライブのコンテキストメニューから、誤ってフォーマットをクリックし実行した
　・他のドライブをＰＣに追加した時、ドライブ番号が変わってしまった
　・違うメディアディスクを誤って使用していた
　・書き込みに失敗していたため、空表示になった
　・太陽光に長時間晒してしまった
　・物理的な限界を迎えた
　・メディアディスクが変形して、正常に読み書きが不能になった

まだ、いろいろ原因はあると思いますが、
どのようなドライブで、どのような操作を行って、そのような状況になったのか？
できるだけ詳しく書いてもらえないと、判断は難しいですよね？

ここに書かれたということは、ＰＣの初心者と思います。
ドライブ番号の修正等は、初心者には難しいです。
お近くに詳しい方が居ない場合は、ＰＣを購入したお店か、近くのＰＣ店に持ち込み
ご相談される事をお勧めします。

原因が判明すれば、対処方法は、ネットで検索すれば、多数見つかりますが、
難しいと思います。