私もATOK2016を使っていますが、こちらの環境では不具合が再現できませんでした。
Windows10 Pro 14393 64bit 、HAMLOG Ver. 5.26 2016/09/04 です。
何が影響しているんでしょうかね。
> Windows10上でIMEをATOK2016にして,Hamlogを使っています.
>
> いままで感じた事が無かったのですが,
> 入力変換後(画像上段)すぐに再変換をかけると,未確定の文字列の位置がおかしくなります(画像中段).
> それで変換して確定した結果が画像下段です.
> 半角,全角ともおかしくなります.
>
> 気がついたのは今回が初めてですが,よく使っていた以前は,全く気になりませんでした.
>
> そjこで,以前のバージョンということで,適当に Ver5.25 Build A;pr-03 をインストールしてやってみたら,全く正常でした.
>
> ちなみにATOK以外のIME...MS-IME と GoogleIME は両方とも正常でした.
> また,この投稿文はGoogleChromeとATOKを使って,再変換を多用していますが,全く問題ありません.