おそらくハムログのバックアップ先をOneDrive上のフォルダーにされてるのではないか？と思います。
すると複数のPCで同期されます。
ハムログ終了時にバックアップが作成されますが個数が決まっていてそれ以上作った時は古いものが削除されます。
同期されている他のPCからも削除されますのでそれの警告じゃないかと思います。
警告を出すのはハムログではなくてOneDriveです。

バックアップはなにも指定しなくても特定のフォルダ（マイドキュメントでしたか）に自動で作成されます。
この特定のフォルダの場所がOneDrive上であれば、同様に警告が出るんじゃないかと思います。