思いつきで申し訳ありませんが。
入力ウィンドウが邪魔ならデスクトップ画面の外に移動させておいて使うという方法もあると思います。
ただ、入力ウィンドウが必要になった時にデスクトップに復旧させなければいけません。
入力ウィンドウAを画面外に置いて、FT8以外では入力ウィンドウBを使うというアイデアもありますね。