表示されているウインドウは Ｈａｍｌｏｇ　が表示させている 「 データ入力ウインドウ 」 です。
JT_Linker が Hamlog にデータを転送する時に、このウインドウに一時的にＱＳＯデータを送ります。
それを Hamlog 側が受け取りメインウインドウにＱＳＯデータが追加されます。
従って現状ではこの 「 データ入力ウインドウ 」 を表示させる必要があります。
現状では JT_Linker は Hamlog を起動させない状態では動作しません。

Hamlog を起動させない状態で直接 Hamlog.hdb にＱＳＯデータを追加する方法もありますが
現状の JT_Linker の仕様では出来ません。