情報ありがとうございます。
プリフィックス順での整理も初期の頃にやってはみましたが、やはりアルファベットなので、QSLカードを途中挿入や抽出するときに前後関係が分かりにくいので、個人的には数字が最適だと感じました。カード枚数が増えてくると、ARRLコードだとちょうど1/100/200/300/400/500番台+USAと箱で分けておいて、保管や区分けもしやすいのも利点です。
マトリックスは申請の時にHamlogのwkd/cfm一覧表示と組み合わせてhamlogにcfmになっているのにDXCCにはないもの=Paper QSLをチェックするという形で私も利用しています。
Paper QSLも個性や相手国の雰囲気が感じ取れて好きなのですが、集計の時にはやはり色々と混乱するので、少しでも分かりやすいといいなあと思って改善を提案させて頂きました。