横から　失礼いたします。
「WSJT-Xのログ・データをCSVファイルに変換して、ハムログにインポートしたのですが」
とありましたが、どの様にHamlog用のCSVに変換されているのでしょうか。
説明書では
CSVファイルから
カンマ区切りのテキストファイルをインポートします。
ここでインポートできるファイルは、複合条件検索でCSVファイルを選択して出力したファイルです。

となっています。更に、

日付時間等が同じデータを除く
QSOデータインポートの際に、インポートするデータ、インポートされるデータの双方をチェックします。
CSVファイルからの場合は、Call, Date, Time, Freq, Mode欄を比較し、すべて一致するデータはインポートしません。
これにより、データの二重登録を防ぐことができるわけですが、１文字でも異なればインポートしてしまいますので、よく確認してから実施してください。

とあります。　注意しなければいけないのは　WSJT-Xのログ・データの時間は秒単位に成っていますがHamlogは分単位に成っています。変換ソフトをお使いでしたら　時間の変換をCSVに変換する際に行っておかないと、インポート時に異なると判定される可能性があります。　この辺りを確認して行ってみたらいかがでしょう。原因が分かるかも知れません。
　対応策は、インポート前に、追加されたLogのみを抜き出して　インポートする事をお勧めします。
https://hamlog.sakura.ne.jp/html/HID00079.html
に説明がありますので、よく吟味して行ってください。なおバックアップ等の準備は十分にしてださい。普通に複合条件検索のCSVファイルでは　問題なく　追加できていますので　念のため書き添えます。

【2022/04/24(Sun) 08:20:42 投稿者により修正されました。】