> 　ＯＳ　　Windows 10 Pro 64bit
> 　無線機　KENWOOD TS990S
>
> 　HAMLOG V.5.32
>
> HAMLOG 使用後、WSJT-X 起動　「無線機制御エラー」
> HAMLOG 使用後、JTDX 起動　「リグコントロールエラー」

> 　HAMLOG 使用後は無線機の電源を一度 OFF->ON しないと、JTDX,WSJTが使用できません。

> 　KENWOOD 機だけの症状でしょうか。

JR0QCP 中村 様、苦労なされているようですね。
リグは異なりますが、ＫＥＮＷＯＯＤを利用しているので試して見ました。
なお、通常はハムログからのリグコントロールはしておりません。

＞ 　HAMLOG 終了時にポートが開放されていないのかとも推測しましたが

気になったので試して見ました。

環境
Windows 10 home
USB-RS232C 秋月 ポート番号３
RIG TS-2000SX

テストソフト
ポートの確認は、自作ソフトで行いました。
https://sub-bakw.ssl-lolipop.jp/test/　の RS-232Cテストプログラム

・ハムログ起動前、 RS232CTSでポート３は正常にオープン出来ます。
・ハムログ起動後、RS232CTSでポート３はオープン出来ません。
・ハムログ終了後、RS232CTSでポート３はオープン出来ました。

ハムログ終了時にポートは正常に解放されている様です。

残念ですが、JR0QCP 中村様の症状は確認出来ませんでした。