検証ありがとうございます。

　何か打つ手はないかとTS-990Sのマニュアルを再確認したところ、この無線機はUSBポートとは別にRS-232Cシリアルポートを持っていました。

　無線機側のコネクタはオスピンで手持の秋月のUSB変換ケーブルもオス。本日、メスメスのジェンダーチェンジケーブルが届きましたので、繋いで同様の操作をしてみました。

　結果はUSBポートと同じで、HAMLOG終了後に起動するJTDXはエラーになります。ところが、しつこくJTDXを起動し直しているとエラー無しで起動するようになりました。（USBポートでは何回試行してもNG)

　ただし、無線機側でポートが二つ確保できましたので、HAMLOGとJTDXに割り振って、一応問題解決とはなりました。

　現在、USBポートでHAMLOG、RS-232C/USB変換ポートでJTDX、LANでリモートソフトが無線機、PC間で繋がっています。私の無線スキルが伴いませんが、結構FBな環境になりました。

　それにしても、原因が分からないモヤモヤ感が残りました。
　あとは、64bitOSと32bitアプリの相性かなぁ（JTDXは64bitネイティブ）
　32bitOSで試行できる環境がないので、検証しようがありません。

> > 　ＯＳ　　Windows 10 Pro 64bit
> > 　無線機　KENWOOD TS990S
> >
> > 　HAMLOG V.5.32
> >
> > HAMLOG 使用後、WSJT-X 起動　「無線機制御エラー」
> > HAMLOG 使用後、JTDX 起動　「リグコントロールエラー」
>
> > 　HAMLOG 使用後は無線機の電源を一度 OFF->ON しないと、JTDX,WSJTが使用できません。
>
> > 　KENWOOD 機だけの症状でしょうか。
>
> JR0QCP 中村 様、苦労なされているようですね。
> リグは異なりますが、ＫＥＮＷＯＯＤを利用しているので試して見ました。
> なお、通常はハムログからのリグコントロールはしておりません。
>
> ＞ 　HAMLOG 終了時にポートが開放されていないのかとも推測しましたが
>
> 気になったので試して見ました。
>
> 環境
> Windows 10 home
> USB-RS232C 秋月 ポート番号３
> RIG TS-2000SX
>
> テストソフト
> ポートの確認は、自作ソフトで行いました。
> https://sub-bakw.ssl-lolipop.jp/test/　の RS-232Cテストプログラム
>
> ・ハムログ起動前、 RS232CTSでポート３は正常にオープン出来ます。
> ・ハムログ起動後、RS232CTSでポート３はオープン出来ません。
> ・ハムログ終了後、RS232CTSでポート３はオープン出来ました。
>
> ハムログ終了時にポートは正常に解放されている様です。
>
> 残念ですが、JR0QCP 中村様の症状は確認出来ませんでした。